وصلت الديانة الإسلامية إلى دولة غينيا الاستوائية من خلال السكان في دولة الغابون والكاميرون.
وانتشر الإسلام بشكل كبير في القرن الثالث عشر الهجري خاصة بين جماعة الفانج، أكبر العرقيات في البلاد.
وظل الإسلام ينتشر حتى الاحتلال الإسباني للبلاد، والذي استطاع أن يضع العراقيل أمام انتشاره في الدولة.
ويتركز أغلبية المسلمين في مدينة ريو موني، لذا يبلغ عدد السكان المسلمين نحو أكثر من 10.000 مسلم.
بنسبة تعادل حوالي 3.5% من إجمالي عدد السكان في البلاد، أما عدد المسلمين في الدولة شكل نحو 1% من إجمالي عدد السكان في البلاد في عام 2006.
إلا أن العديد من الإحصائيات والتقارير أكدت أن أعداد المسلمين تتراوح ما بين 1 وحتى 25 %، وذلك بفضل وجود أعداد كبيرة من الهنود المسلمين.
كما يوجد عدد من المساجد التي توجد في كافة البلاد مثل مدينة باتا وغيرها، بالإضافة إلى وجود ثلاثة مساجد في العاصمة مالابو، كان منها مسجد كونتراتورس، وهو بمثابة منارة للعاصمة.
ولكنه مسجد قديم جداً، تم تشييده منذ قرن من الزمان على يد جماعات الهاوسا المسلمين، ولكنه تهدم ولم يبقى منه شيئاً.